Việc đưa phần lớn diện tích đất phèn vào trồng lúa chủ yếu là nhờ có nguồn nước ngọt dồi dào rửa và khống chế phèn (ĐBSCL). Tuy nhiên do tầng sinh phèn nằm ở những độ sâu rất khác nhau. Do thời tiết (hạn hán) thay đổi và do kỹ thuật canh tác chưa thật hợp lý, nên hiện tượng "xì phèn"trong ruộng lúa thường hay xảy ra, nhất là vào vụ lúa hè – thu, nên biện pháp quản lý nước và dinh dưỡng trên đất phèn là kỹ thuật rất quan trọng. Đặc điểm của đất phèn trồng lúa có độ PH thấp: lúc ngập nước PH dao động từ 4,5 – 6,5; lúc bị khô hạn thì PH giảm xuống dưới trị số  4 – 4,5 làm cho ruộng lúa bị hại dẫn đến thân, lá, cây vàng rồi chết. Trong đất phèn thường hiện diện sắt (Fe), nhôm (Al) và măng gan (Mn) nhiều hơn trong ruộng không bị phèn. Trong đó, Fe và Al thường xuyên có mặt với hàm lượng cao và rất cao.  Lúc trị số PH thấp từ 2,2 – 5 thì Al hòa tan nhiều hơn Fe. Khi PH trên 5 thì Fe nhiều hơn Al. Để cây lúa có thể sống, sinh trưởng và phát triển bình thường thì trị số PH của ruộng phải đạt từ 5 trở lên.

Quản lý trên nước trên ruộng nhiễm phèn

Trong đất phèn vùng ĐBSCL nhờ có nước lũ kéo dài trên 3 tháng nên trị số PH có thể đạt được 6,5 – 7. Nhưng lúc ngập lũ, PH nước đạt được trị số này thì lúa không thể trồng được. Lúc nước rút xuống có thể trồng lúa được thì trị số PH cũng giảm theo. Đầu mùa mưa, cuối tháng 4 – tháng 5)  thì PH giảm, nên đầu vụ hè – thu, lúa thường bị ngộ độc phèn. Vì vậy, việc quản lý nước và bón vôi cho lúa trên đất phèn được coi là biện pháp rất quan trọng. Đặc điểm hóa lý của đất phèn là đất có thàn phần cơ giới nặng, hàm lượng hữu cơ cao và rất cao, đạm hữu cơ cao, hàm lượng K cũng khá cao, hàm lượng các độc tố Fe và Al cao, PH thấp. Nhưng hàm lượng lân, đặc biệt là lân di động rất thấp. Vì vậy, để cho lúa sống được phải nâng PH lên trên 5, giảm hàm lượng Fe và Al đến ngưỡng an toàn cho lúa và phải bón lân hàm lượng cao. Vì vậy, ruộng lúa cần giữ nước thường xuyên, nếu có điều kiện chủ động được nước thì tỉnh thoảng nên tiêu nước để rửa bớt phèn trong ruộng. Ruộng lúa không cần thiết phải bón thêm phân hữu cơ, để dành phân hữu cơ để bón cho vùng đất xám và các loại rau màu và cây ăn quả. Nhưng vôi và lân là 2 loại vật tư không thể thiếu. Vôi bón cho đất phèn có 2 tác dụng:

- Nâng độ pH lên

- Cung cấp canxi cho lúa.

Nhưng để nâng độ PH từ trị số thấp ví dụ từ 4 -5 bằng biện pháp bón vôi thì phải cần nhiều vôi. Biện pháp này không khả thi. Vì vậy, phải kết hợp dùng nước ngọt rửa phèn và ém phèn kết hợp với bón vôi. Đồng thời phải dùng cả biện pháp bón lân. Bón lân cũng có 2 tác dụng:

- Bón lân để cung cấp đủ lân dễ tiêu cho cây lúa.

- Lân kết hợp với Fe và Al thành dạng không di động giảm bớt độc hại cho cây lúa.

Nếu dùng lân dạng kiềm như lân nung chảy hay lân hữu cơ vi sinh thì ngoài 2 chức năng đã kể còn giúp nâng độ PH của nước lên do đó cũng giảm phèn trong ruộng lúa. Vậy thì trên đất phèn, các kỹ thuật về làm đất, trừ cỏ, quản lý nước và bón phân được thực hiện theo 1 chuỗi liên hoàn. Vì vậy, mỗi kỹ thuật đều có liên quan chặt chẽ với nhau để "ém phèn", "rửa phèn" giúp cây lua 1sinh trưởng phát triển được bình thường để có năng xuất và phẩm chất đạt tiêu chuẩn xuất khẩu.