Khi nhổ lúa lên quan sát, có 2 trường hợp xảy ra nhưng hiện tượng gây độc trên lúa gần giống nhau, đó là:

- Nhổ lúa lên, rễ và gốc bị đen, có mùi hôi như mùi trứng thối, rễ không phát triển được, trường hợp này có thể nghĩ ngay lúa bị ngộ độc chất hữu cơ. Lỳ do chính là khi làm đất là vùi rơm rạ tươi rồi ngâm chưa kỹ hoặc phơi đất chưa kỹ đã phải làm đất để gieo sạ lúa hè thu. Chất hữu cơ tiếp tục bị các vi sinh vật phân giải đã sản sinh ra các chất độc như khí Metan (CH4), Khi Sunfua(H2S) và các axit hữu cơ. Các chất độc này gây hại trực tiếp lên rễ lúa làm cho hệ thống mạch dẫn của rễ lúa bị tổn hại nên không hút được thức ăn và nước cho lúa. Cách xử lý TH ngộ độc chất hữu cơ trước tiên phải rút nước phơi rượng khoảng 1 tuần, sau đó cho nước vào đủ ẩm rồi bón vôi để khử bớt các chất độc đã nói trên, lượng vôi bón có thể 100 – 150 kg/l công đất (1000 m2) sau đó 2 – 3 ngày ta lại bón lân cho lúa, lượng lân bón từ 15 – 20 kg/1 công lúa. Có thể dùng phân lân hữu cơ Đầu Trâu, có thể lân nung chảy hay super lân đều được.  Dĩ nhiên do đất phèn nên bón lân hữu cơ Đầu Trâu hay lân nung chảy sẽ thích hợp hơn. Khi bộ rễ lúa được cải thiện thì lúa trước hết cần hút chất lân, có lân vào cây cũng hút được chất đạm, rễ lúa sẽ chuyển sang màu vàng sáng và trắng dần. Cây lúa có điều kiện để ra lá và đâm chồi tốt hơn. Ta lại bón bổ sung phân N và một ít Kali để cây lúa có đủ chất dinh dưỡng. Lúc này bà con dùng phân bón lá có chứa đầy đủ N, P, K các chất trung và vi lượng để phun cho lúa 2 – 3 đợt thì lúa sẽ phục hồi nhanh. Giữ mực nước nông, thỉnh thoảng lại tháo cạn 4 – 5 ngày rồi lại cho nước vào.

Lúa ngộ độc phèn

- Trường hợp nhổ lúa lên rễ lúa không bị đen mà toàn bộ gốc và rễ lúa phủ một màu vàng tối, rễ ngắn, đầu chóp rễ có những vết sần sùi, có rễ bị thối thì ta nghĩ ngay đến lúa bị ngộ độc chất sắt. Các Iôn sắt đã bám chặt quanh gốc và rễ lúa, làm cho các mạch dẫn của rễ bị tắt nên không hút được thức ăn và nước lên thân lá. Vì vậy lúa không đẻ nhánh được, lá lúa dày và nhỏ, lá vàng dần rồi bị chết từng mảng. Cách chữa trị trường hợp này là không phải rút nước phơi ruộng mà rửa ruộng một vài lần rồi rút cạn nước, tiến hành bón vôi bột ngay để hạ phèn. Lượng bón cũng có thể tùy mức độ nặng hay nhẹ mà quyết định lượng vôi nhiều hay ít. Thông thường dùng 100 – 200 kg/1 công lúa. Khi bón vôi, chỉ để đất đủ ẩm để vô dễ xâm nhập vào vùng rễ lúa, giải phóng độc tố vùng rễ, không cho nhiều nước vì như vậy sẽ làm loãng vôi, làm giảm tác dụng của vôi. Sau đó, 15 – 20 ngày ta lại bón 15 – 20 kg lân/1 công lúa, kết hợp sụt bùn cho lân tan vào vùng rễ lúa. Sau đó ta tiếp tục bón phân thúc cho lúa. Phải quan sát ruộng lúa, nếu thấy cây còn yếu theo tình trạng thiếu đạm thì ta bón 5 – 7 kg phân Urê /1 công. Nếu có loại Urê hạt vàng 46A+ thì sẽ thích hợp hơn. Vì loại đạm này chậm tan nên tiết kiệm được phân hơn. Nếu có phân NPK chuyên dùng cho luá thì  bón 10 – 12 kg/1 công. Bón loại phân đó thì sẽ không cần bón đạm Urê. Có thể dùng phân DAP, trong phân DAP có chứa nhiều lân ít đạm. Bón thêm lân vào thời kỳ này vẫn tốt, không sợ thừa lân.

Vì như phần trên đã giới thiệu, phân lân còn có tác dụng hạ phèn do lân kết hợp với Fe và Al tạo thành dạng khó tan nên không có điều kiện tác hại lên rễ lúa. Những nơi bà con đã dùng phân chuyên dùng cho lúa loại Đầu Trâu L1 và L2 hay Đầu Trâu Te – 01 và 02 thì ab2 con dùng loại đầu trâu TE – 01 bón 10 – 12 kg /1 công lúa sẽ không cần bón thêm phân gì khác, lúa sẽ tốt bền , màu lá sáng đẹp, ít sâu bệnh.